Anja Andersen var kendt for sine offensive kvaliteter, sit temperament og sin modvilje mod at spille håndbold på den sikre måde. Inspireret af blandt andet basketball og Harlem Globetrotters gjorde hun underholdningen til en del af sit spil og blev en central figur i dansk kvindehåndbolds gennembrud i 1990’erne.
På landsholdet spillede hun 133 kampe og scorede 725 mål mellem 1989 og 1998. Det placerer hende som den tredjemest scorende spiller på det danske kvindelandshold efter Camilla Andersen og Janne Kolling.
Hun vandt OL-guld i Atlanta i 1996, VM-guld i 1997 og EM-guld i både 1994 og 1996. Dertil kom VM-sølv i 1993 og VM-bronze i 1995.
I 1996 blev hun kåret som EM’s mest værdifulde spiller, og året efter blev hun udnævnt til verdens bedste håndboldspiller. Spillerkarrieren sluttede i 1999 på grund af en hjertefejl.
Efterfølgende fortsatte hun som træner og førte Slagelse til tre danske mesterskaber og tre Champions League-titler. Hun blev optaget i Danmarks Idrætsforbunds Hall of Fame i 2007 og i EHF Hall of Fame i 2024.
