Tonje Kjærgaard fik sin første kamp for Ikast fS som 17-årig og spillede for klubben fra 1992 til 2004. Hun var med til at vinde det første danske mesterskab i klubbens historie i sæsonen 1997/98.
Hun vandt desuden den danske pokalturnering tre år i træk fra 1999 til 2001 og EHF European League i 2002. I en periode var hun anfører, og hendes trøjenummer 3 er siden blevet taget ud af brug.
På landsholdet debuterede Kjærgaard som 18-årig. Hun nåede 139 kampe og 342 mål fra 1994 til 2000.
Hun vandt OL-guld i både Atlanta i 1996 og Sydney i 2000, VM-guld i 1997 samt EM-guld i 1994 og 1996. Dertil kom VM-sølv i 1993, VM-bronze i 1995 og EM-sølv i 1998.
Efter OL-triumfen i Sydney stoppede hun på landsholdet som blot 25-årig. På det tidspunkt havde hun deltaget i otte slutrunder.
