Stine Jørgensen blev født den 3. september 1990 i Dronninglund og begyndte at spille håndbold som femårig i hjembyen hos Dronninglund IF. Her tog hun sine første skridt i sporten, inden hun som 16-årig skiftede til Aalborg DH, hvor hun i første omgang blev en del af ungdomsafdelingen.
I 2008 rykkede hun op omkring seniorholdet i Aalborg DH, der spillede i den bedste danske række. Allerede året efter var hun med til at vinde sølv med klubben, og i den efterfølgende sæson fik hun sin første erfaring fra EHF Champions League.
Jørgensen var også en del af de danske ungdomslandshold. Hun vandt bronze ved U18-VM i 2008 og deltog året efter ved U19-EM, inden hun senere tog skridtet videre til A-landsholdet.
Den 24. september 2010 fik hun debut for det danske A-landshold. Året efter var hun med ved VM i Brasilien, som blev hendes første store slutrunde på seniorlandsholdet. Danmark endte som nummer fire, og Jørgensen scorede fem mål i ni kampe.
Ved EM i 2012 var hun igen en del af den danske trup og scorede 25 mål i syv kampe. Året efter fulgte det største landsholdshøjdepunkt, da Danmark ved VM i Serbien i 2013 vandt bronze. Medaljen var Danmarks første ved en stor kvindeslutrunde siden EM-sølvet i 2004.
I november 2012 skrev hun under på en treårig kontrakt med FC Midtjylland Håndbold fra sæsonen 2013/14. Her blev hun en del af et stærkt FCM-hold, der vandt DHF’s Landspokalturnering, EHF Cup Winners’ Cup i 2015 og det danske mesterskab samme år efter finalesejre over Team Esbjerg.
På landsholdet fortsatte hun også som en af profilerne i årene efter VM-bronzen. Hun deltog ved EM i 2014, VM i 2015 og EM i 2016. Ved EM i Sverige i 2016 blev hun turneringens næstmest scorende spiller med 47 mål, og samme år blev hun landsholdsanfører for Danmark.
I 2017 skiftede Jørgensen til Odense Håndbold, hvor hun spillede frem til 2020. Herefter gik turen til tysk håndbold og SG BBM Bietigheim, men i december 2020 meddelte hun, at hun ventede tvillinger med sin mand, den tidligere badmintonspiller Jan Ø. Jørgensen, og hun stod derfor ikke til rådighed for klubben resten af sæsonen.
I maj 2020 valgte hun at stoppe på landsholdet på ubestemt tid, og senere bekræftede hun, at tiden på det danske landshold var forbi. Hun nåede 148 landskampe og 487 mål for Danmark i perioden fra 2010 til 2020.
Efter fødslen gjorde Jørgensen comeback i SG BBM Bietigheim i november 2021. I april 2022 skrev hun under på en fireårig kontrakt med København Håndbold, hvor hun blev en del af holdet fra sommeren samme år.
Hun indstillede karrieren efter 2024/25-sæsonen. Kontrakten med
